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株式会社テクノスルガ・ラボ

微生物に関する試験・分析の受託および関連製品の販売

会社カテゴリー:分析、試験受託サービス

主サービス提供地域:日本

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ニュースリリース

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製品・サービス

2022/05/02

保存アンプル作製・微生物株保管管理[微生物株の保存アンプル作製受託]

検査

特徴

  • 有用微生物株や試験標準微生物株の長期保管に最適
  • 特許・微生物保存機関への寄託に適合
  • 保存アンプルは冷凍設備が不要で、冷蔵設備で保管が最適
  • 遺伝資源の消失リスクを考えた非常時の備えにバックアップ保管として利用可能

概要

保存性やコスト面に優れたL-乾燥法を用いた保存アンプル作製を行います。
L-乾燥法による保存アンプルは、20年間の特許期間中、特許微生物株を維持しなければならない条件に適合する方法として、特許株の寄託機関が採用しています。

当社が作製する保存アンプルは、日本国内における特許微生物株の寄託先である特許微生物寄託センター (NPMD) の規格サイズに適合します。
なお、特許微生物寄託センターへの寄託には、10本以上が必要となります

 作製した保存アンプルの品質確認として、作製した保存アンプル中の微生物株の生育性、コロニーの性状に基づく純粋性の確認に加え、お預かりした検体と作製した保存アンプルに封入された微生物の同一性を確認の上、納品いたします。

 当社では保存アンプルおよび凍結保存品(グリセロールストック)の保管や、保管微生物の生存確認試験などのサービスも行っています。複数の施設、地域で微生物を保管することは、災害時の消失リスクを低減する上でも有用です。

 同一性の確認は、MALDI-TOF MS法(以下、MALDI法)またはDNA塩基配列解析により行います。放線菌を除く細菌および酵母ではMALDI法で行います。一方、放線菌およびカビは生育段階により異なる細胞構造を形成し、各段階で発現するタンパク質が異なるため、MALDI法による同一性確認が不向きなことから、DNA塩基配列解析による確認を基本とします。なお、どちらの方法で確認作業を行うかにつきましては、当社にお任せ下さい。

 作製した保存アンプルの生育性および純粋性を確認するための復元確認は、「作製直後」または「37℃で2週間保存後」のどちらかをご選択いただけます。「37℃で2週間の保存」は、「5℃で約10~20年間の保存」に相当するとされることから、「37℃で2週間保存後」の復元確認(加速保存試験)を実施することにより、長期間での保存性を推定することが可能です。


受入可能な検体

種類 必要量 備考
細菌 平板培養物1枚
斜面培養物 1本
グリセロールストック 1本
アンプル 1本
当社での培養確認を必須とします。
十分に生育性のある微生物株をお送り下さい。
酵母
カビ

関連製品

安全にアンプルの開封が可能なアンプルカッターもご用意しております。アンプル作製のご依頼とあわせて、ご検討下さい。

・アンプルカッター(岩田硝子工業株式会社製)

・アンプルカッター (東西通商株式会社製)

 

価格等、詳しいサービス内容についてはサービス詳細をご覧ください。

詳細はこちら

2022/05/02

微生物同定システム「ENKI®」 – 相同性検索、系統解析ソフトウェア –[遺伝子解析による微生物の迅速同定を大幅に効率化]

検査

特徴

  • 専門的な知識不要の自動解析機能搭載 (分子系統解析まで実施)
  • 微生物の同定に有効なデータのみで構成
  • 細菌・菌類の2種類のデータベースを用意、毎年更新(新種の登録や移籍の更新に対応)
  • 細菌のデータベースは既知種の80%以上の基準株をカバー (15,000種以上)
  • ユーザーデータベース機能搭載、「微生物同定データベース」との同時解析が可能(過去のデータと比較解析可能)
  • バイオセーフティレベル出力により、安全性評価が簡単

概要

DNA塩基配列解析では、国際塩基配列データベース (INSD:DDBJ/ENA/GenBank) の利用がほとんどですが、膨大なDNA塩基配列データが蓄積されているために、微生物の同定に有効なDNA塩基配列データを選択するには多大な手間と時間を要します。また、微生物分類学の専門知識がなければ、微生物の同定が難しいケースが多々あります。

当社では国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ (DNA Data Bank of Japan) センターのご支援により、微生物同定に有効なデータを収集したDNAデータベース「微生物同定データベース」を構築し、当社が開発した簡単に系統解析を可能とする微生物同定ソフトウェア「ENKI®」とあわせて販売しています。

本システムは、解析メニューのボタンが解析手順に沿って並んでいますので、専門知識のないお客様でも簡単に操作可能です。また、解析したい塩基配列を複数選択し、相同性検索から系統解析までを自動で行うことも可能です。

微生物同定データベースは、基準株および学術論文などを参考に精査したDNA塩基配列データで構成されています。バージョンアップは毎年行い、新種提唱された種の基準株や標準由来株のDNA塩基配列データを追加するほか、国際塩基配列データベースに未登録の種の基準株や標準由来株については、必要に応じて当社が独自にDNA塩基配列を解析し、微生物同定データベースに追加しています。

分かり易い相同性検索結果
学名、株名、国際塩基配列データベースのアクセッション 番号、相同率、バイオセーフティレベルが表示されます。 検索結果をPDF 形式で保存可能です。

近縁種の同定が容易
系統樹を描くことで、相同率の比較だけでは理解しにくい近縁種との系統関係を明確にします。 系統樹はPDF などのファイルで保存可能です。


機能一覧

仕様 備考
複数塩基配列の一括読込 複数の塩基配列データの一括読込が可能です(ドラッグアンドドロップで入力可能)。
ユーザーデータベース お客様自身のデータベース構築が可能です。 検索対象にご選択いただくことより、相同性検索から系統樹作成までの解析が可能です。
複数のデータベースに対する相同性検索 当社が構築した「微生物同定データベース」に対する相同性検索に加え、お客様が構築したユーザーデータベースも併せて指定することで、同時解析が可能です。
マルチプルアライメント/系統樹作成 複数の任意配列を加えての系統解析が可能です。 ユーザーデータベースのデータも解析可能です。 アウトグループを自動選択にすれば、どなたでも系統樹作成が可能です。
自動解析 複数のデータを選択し、相同性検索から系統樹作成まで自動解析が可能です。
インターネットBLAST インターネットに接続できる環境下で、国際塩基配列データベースに対する相同性検索が可能です。

製品仕様

動作環境:日本語版 Windows® 10 / CPU 2GHz以上 / 64bit /メモリー 2GB以上 / HDD 1GB以上
使用制限:「ENKI®」のご使用は論文発表以外の研究または品質管理目的のみ可能です。
医療や臨床診断、解析受託目的でのご使用はお断りしています。

価格や詳細についてはサービス詳細をご参照ください。

詳細はこちら

2022/02/18

IR Biotyper株識別試験 (細菌、酵母)[微生物株の異同を識別]

検査

特徴

  • 細菌、酵母の微生物株の異同を識別
  • PFGE解析やMLST解析といった従来の識別手法に比べて迅速かつ安価
  • 分離された多数の微生物株のスクリーニングに有効

概要

IR Biotyper株識別試験 (細菌、酵母)は、ブルカー社製 IR Biotyper®を使い細菌及び酵母の微生物株を株レベルで識別するサービスです。

IR Biotyper®は、同一条件で培養した異なる微生物株が持つ炭水化物・多糖類のフーリエ変換赤外 (FT-IR) スペクトルデータを取得し、微生物株間のスペクトルデータを比較解析することで株レベルの識別を行うシステムです。

菌株を識別する解析領域について、基本とする炭水化物、多糖類の他に、追加オプションで脂質、脂質、炭水化物、多糖類、炭水化物、タンパク質の領域で解析することが可能です。

基本の解析領域ではホールゲノムと同等の識別結果が得られることが報告されていますが、追加オプションにより、菌体を構成する他の成分を基にした表現型での相同性の評価結果を得られます。

※IR Biotyper株識別試験の結果と遺伝子を対象とした試験 (POT法、MLST法、PFGE解析など) は、対象とする菌体成分および識別原理が異なることから、結果が異なる場合がございます。

「IR Biotyper®」はBruker Daltonik GmbHの登録商標です。


受入可能な検体

カテゴリー 必要量 備考
細菌
酵母
平板培養物1 枚
斜面培養物 1 本
グリセロールストック 1 本
アンプル 1 本
当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示下さい。 生育性や純粋性に疑義がある場合には、連絡いたします。

 


報告内容

試験項目 報告内容 付属データ
IR Biotyper株識別試験 距離行列とヒートマップ
クラスター分析によるデンドログラム
主成分分析結果
png、csvファイル
pngファイル
pngファイル

 

詳しいサービス内容についてはサービス詳細をご覧ください。

詳細はこちら

2022/02/18

MALDI微生物同定試験(Biotyper)[微生物の迅速同定受託/正午までの到着検体なら同定結果を即日納品]

検査

特徴

  • 細菌、カビ(糸状菌)、酵母のすべてのカテゴリーの同定に対応
  • DNA塩基配列解析と比較し、迅速、低価格での報告が可能
  • バイオセーフティレベル付きで報告
  • 当日12時(正午)までの到着検体 (細菌・酵母の純粋培養物に限る) は、即日納品
  • タンパク質マススペクトルパターンをデータベースと照合し同定

概要

細菌、カビ、酵母のタンパク質マススペクトルを取得し、データベースと照合することで、検体の帰属種・近縁種を同定します。
MALDI-TOF MS法は、迅速性やコストの低さから臨床・食品・製薬など様々な分野で普及が進んでいます。

細菌および酵母では、当社営業日の午前中に到着し、検体が純化された平板培養物または、解析を実施するコロニーやカテゴリーが明確であった場合には、ご送付検体より直接解析を行い、即日報告が可能です。

カビの解析では、これまで再現性が課題とされていましたが、ブルカージャパン株式会社から提供された前処理プロトコルにより、再現性が格段に改善されました。
タンパク質抽出を効率よく行うために液体培地での培養が必須となりますが、検体受領から培養含め 2〜4日で報告が可能です。また、DNA塩基配列解析に比べ安価ですので、コストを重視されるお客様におすすめです。

同時または追加で DNA塩基配列解析をご希望される場合に「MALDI同時割引」を用意しています。


受入可能な検体

カテゴリー 必要量 備考
細菌
酵母
平板培養物1 枚
斜面培養物 1 本
グリセロールストック 1 本
アンプル 1 本
当社での培養確認を必須とします。培養条件をご指示下さい。 生育性や純粋性に疑義がある場合には、連絡いたします。

 


報告内容

試験項目 報告内容 付属データ
IR Biotyper株識別試験 距離行列とヒートマップ
クラスター分析によるデンドログラム
主成分分析結果
png、csvファイル
pngファイル
pngファイル

 

詳しいサービス内容についてはサービス詳細をご覧ください。

詳細はこちら

2022/02/17

Rapid解析 [微生物の迅速同定(細菌、カビ、酵母)/DNA塩基配列解析の受託試験・分析]

分析、検査

特徴

  • 日本薬局方を準用したプロトコルによる属・種レベルの同定
  • 最も速いコースなら相同性検索結果を2営業日でお届け(細菌、酵母)
  • 当社開発の微生物同定システム「ENKI®」による簡易分子系統解析を実施
  • 帰属種・近縁種のバイオセーフティレベル付きで報告

概要

DNA塩基配列解析により細菌、カビ、酵母を属・種レベルで迅速に同定するサービスです。医薬品や食品・飲料メーカーなどで衛生管理を担当され、特に正確かつ迅速な同定結果を要求されるご担当者様におすすめです。
DNA塩基配列解析には、当社が微生物の同定用に開発した微生物同定システム「ENKI®」を使用します。
相同性検索は、当社の微生物同定データベースと国際塩基配列データベース (INSD:DDBJ/ENA/GenBank) に対して行い、最終的に簡易分子系統解析の結果から帰属種・近縁種を同定します。あわせて、同定された菌種のバイオセーフティレベルも報告いたします。


受入可能な検体

寒天平板培地に培養した細菌、カビ、酵母の純粋培養物をご送付ください。DNA抽出から同定までの一連の作業を一括で承ります。平板培養物中に複数のコロニーが存在する場合には、解析対象のコロニーに目印をして下さい。

コンタミネーションにより単離や当社での再培養を行う必要がある検体は、別途有償での作業が必要となります。
一度にお受けできる検体数は、1依頼あたり8株までです。


受託試験項目および報告内容

カテゴリー 試験項目 報告内容 付属データ
細菌 16S rDNA-500
(ENKI BLAST) Rapid
・当社微生物同定データベース照合結果の上位30 位とそれらのバイオセーフティーレベル DNA 塩基配列データ
シーケンス波形データ
酵母 26S rDNA-D1/D2
(ENKI BLAST)Rapid
細菌 16S rDNA-500 Rapid ・当社微生物同定データベース
照合結果の上位30 位
・系統樹
・同定結果 + 帰属種・近縁種のバイオセーフティレベル
<参考情報>
・国際塩基配列データベース照合結果の上位30 位
※ご希望のお客様には、帰属種・近縁種の分離源情報もお付けします。
酵母 26S rDNA-D1/D2 Rapid
カビ ITS rDNA Rapid
28S rDNA-D1/D2 Rapid
カビ カビ形態 Rapid ・コロニー形態および細胞形態の特徴(菌糸、分生子など)の顕微鏡観察写真
・識別可能なレベル (基本的に属レベル) までの分類群の同定結果帰属分類群のバイオセーフティレベル
顕微鏡観察写真

詳しいサービス内容についてはサービス詳細をご覧ください。

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2022/02/04

生体関連 アンプリコンシーケンス解析 [腸内細菌叢や皮膚菌叢等、微生物叢の受託解析]

分析

特徴

  • 様々な動物種の糞便、ヒトの口腔内や皮膚検体といった幅広い生体由来検体の細菌叢や菌類層を解析
  • DNA抽出からデータ解析までを一式としたセット価格でご提供 (1検体から申し込み可能)
  • 糞便は細菌とアーキア を一括で解析できるプライマーを推奨 (メタン産生アーキアの検出が可能)

概要

糞便、唾液、皮膚などの多様な生物種が混在する検体中の生物群集を解析する優れた方法のひとつです。検体から直接抽出した混合DNAについて、検体を識別するためのバーコード配列を付加したプライマーによりPCR増幅~シーケンス解析を行い、一度に数万~数十万の配列を得る手法です。

検体ごとに異なるバーコード配列が付加されているため、数十種類の異なる検体由来の混合DNAを一度に解析しても、バーコード配列をもとに得られた塩基配列がどの検体に由来するかを判別することができます。

一度の解析で大量の塩基配列を得ることができることから、メジャーな細菌からマイナーな細菌まで網羅的に検出可能です。多検体、多数の塩基配列解析を行う場合のコストパフォーマンスに優れています。


解析ソフトウェアは2種類から選択可能

データ解析のソフトウェアは、セット1またはセット2の2種類から選択が可能です。

セット1

 解析ソフトウェア:Metagenome@KIN
 データベース(細菌・酵母):『RDP』+『テクノスルガ・ラボ 微生物同定データベース※1
 データベース(真菌):『RDP』
※1 最新版データベースの特徴はこちら

セット2

 解析ソフトウェア:QIIME2
 データベース(細菌・酵母):『Greengenes database』
 データベース(真菌):『UNITE』


受入可能な検体

生体検体A区分:糞便検体

由来 検体の種類 対象
ヒト ヒト糞便 細菌・アーキアのDNAおよびRNA
実験動物類 マウス、ラットなどの動物糞便、腸管内容物
家畜類 ブタ、ウシ、ウマなどの動物糞便、腸管内容物
家禽類 ニワトリなどの家禽糞便、腸管内容物
ペット類 イヌ、ネコなどのペット糞便
その他 魚類、昆虫などの糞便、腸管内容物

生体検体B区分:その他生体由来検体

由来 検体の種類 対象
ヒト(その他動物種はご相談ください) 唾液、プラーク 細菌・アーキアの DNAおよびRNA
皮膚拭取物
膣内拭取物

その他

由来 検体の種類 対象
DNA抽出物 PCR増幅が確認されたDNA抽出物 細菌・アーキアのDNAおよびRNA

血液、臓器、細胞組織およびそれらが付着した検体の受け入れはできません。


仕様

対象微生物 細菌・アーキア 菌類
解析対象 DNA/RNA DNA
解析領域 16S rDNA V3 ~ V4領域 ITS2領域
リード長 細菌 約430 bp / アーキア 約380 bp 約350 bp
リード数※1 1万リード以上/検体
解析機種 次世代シーケンサー(NGS)
MiSeq®(Illumina)
データ解析手法
(セット1)※2
解析ソフトウェア: Metagenome@KIN
データベース:RDP ※ 3
および
テクノスルガ・ラボ「微生物同定データベース」
解析ソフトウェア: Metagenome@KIN
データベース:RDP ※ 3
データ解析手法
(セット2)※2
解析ソフトウェア: QIIME2※4
データベース:Greengenes database
解析ソフトウェア: QIIME2※4
データベース:UNITE

Miseq はイルミナ株式会社の商標または登録商標です

RNAに関する補足

DNAを解析対象とするアンプリコン解析では全菌 (生菌、死菌を問わず) を対象とします。RNAは生菌において多くなるため、微生物の動的な群集構造を解析することが可能です。RNAを解析対象とする場合には、検体から抽出した核酸中に含まれる混合RNAを逆転写PCR反応 (RT-PCR) し、得られたcDNAを鋳型にPCR増幅を行います。RNAは、非常に不安定で分解し易いため、サンプリング前に当社までお問い合わせ下さい。

※1 クオリティーフィルタリング、キメラチェック後のリード数です。
※2 データ解析は、セット1またはセット2のどちらかをご選択ください。
※3 RDP (Ribosomal database project) は公共の解析データベースです。
※4 セット2 (QIIME2) は一次解析までのご報告です。二次解析 (多様性解析、統計解析) は、別途追加解析のご指示をお願いいたします。


受託試験項目および報告内容

セット1:Metagenome@KIN

報告内容 形式
次世代シーケンサー (NGS) によるシーケンス生データ fastqファイル
次世代シーケンサー (NGS) によるシーケンスデータ
(クオリティーフィルタリング、キメラチェック後)
fastaファイル
データ解析結果 csvファイル、htmlファイル

※詳細は「アンプリコンシーケンスデータ解析 (Metagenome@KIN)」をご参照ください。

セット2:QIIME2

報告内容 形式
次世代シーケンサー (NGS) によるシーケンス生データ fastqファイル
QIIME2出力データファイル
データ解析(一次解析)結果
代表配列とリード数の一覧 qzvファイル
相同性検索結果
(表、バーチャート)
qzvファイル

詳しいサービス内容についてはサービス詳細をご覧ください。

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2022/01/20

ISO/IEC 17025認定同定試験-DNA塩基配列解析 [受託試験・分析 ISO17025試験所による微生物の同定]

分析

特徴

海外への輸出品受入れがスムーズに

認定プロセスは、試験所の能力を決定する目的で、国際的に統一したアプローチに基づいて行なわれます。認定試験所で作成された試験結果は、海外市場における輸出品の受け入れなどを優位に進める効果が期待できます。

お客様からの信頼の向上

製品がISO/IEC 17025認定試験所で評価されることで、製品のお客様信頼度を高める効果が期待できます。

リスクの最小限化

製品の特性が規格または仕様に合致しているかを判断する場合、技術的能力のあるISO/IEC 17025認定試験所を選ぶことにより欠陥のある製品の製造や流通のリスクを最小限に抑える効果が期待できます。

再試験の回避

ISO/IEC 17025に認定された機関を選ぶことにより、再試験を要求される可能性を最小限に抑え、かかる費用と時間を削減する効果が期待できます。


概要

当社は、「遺伝子解析による細菌及び真菌(カビ、酵母)の種の同定」に関して、試験所認定制度の国際規格であるISO/IEC 17025の認定を Perry Johnson Laboratory Accreditation, Inc.より取得しています。

日本薬局方の「遺伝子解析による微生物の迅速同定法」を準用した実験・解析工程に加え、当社微生物同定システムENKI®を用いた相同性検索、分子系統解析(系統樹作成)の結果から、同定を行います。それにより、微生物分類・同定の学術根拠に沿って同定結果を報告する認定試験所として、信頼性の高い試験を行う能力があることを第三者機関(ISO/IEC 17025)により国際的に認められました。

ISO/IEC 17025認定同定試験は、この試験以外のDNA塩基配列解析と試験・解析工程や精度管理に関する手順は全く変わりませんが、報告書へのシンボルマークの記載および記録の管理方法が異なります。


受け入れ可能な検体

寒天平板培地に培養した細菌、カビ、酵母の純粋培養物をご送付ください。DNA抽出から同定までの一連の作業を一括で承ります。平板培養物中に複数のコロニーが存在する場合には、解析対象のコロニーに目印をして下さい。
コンタミネーションにより単離や当社での再培養を行う必要がある検体は、別途有償での作業が必要となります ( 試験所認定外試験)。


報告内容

報告書には、ISO/IEC 17025認定シンボルマークを掲載いたします。英文報告書(有償)にも対応可能です。

カテゴリー 試験項目 製品内容
細菌

16S rDNA-500
(ISO/IEC 17025認定同定試験)

16S rDNA-Full
(ISO/IEC 17025認定同定試験)

・ 国際塩基配列データベース照合結果の上位30位
・ 当社微生物同定データベース照合結果の上位30位
・ 系統樹
・ 同定結果
カビ ITS rDNA または 28S rDNA-D1/D2
(ISO/IEC 17025認定同定試験)
酵母 26S rDNA-D1/D2
(ISO/IEC 17025認定同定試験)

※国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ (DNA Data Bank of Japan)センターのご支援により当社が構築した「微生物同定データベース」と当社が開発した微生物同定システム「ENKI®」を使用します。「微生物同定データベース」は、帰属分類群の同定に重要であるタイプ(基準株や基準標本等)のDNA配列データで構成されています。

 

 

 

詳しいサービス内容についてはサービス詳細をご覧ください。

詳細はこちら

キャンペーン

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セミナー

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ホワイトペーパー

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