株式会社テクノスルガ・ラボ

特徴

• 様々な動物種の糞便、ヒトの口腔内や皮膚検体といった幅広い生体由来検体の細菌叢や菌類層を解析
• DNA抽出からデータ解析までを一式としたセット価格でご提供 (1検体から申し込み可能)
• 糞便は細菌とアーキア を一括で解析できるプライマーを推奨 (メタン産生アーキアの検出が可能）

---

概要

糞便、唾液、皮膚などの多様な生物種が混在する検体中の生物群集を解析する優れた方法のひとつです。検体から直接抽出した混合DNAについて、検体を識別するためのバーコード配列を付加したプライマーによりPCR増幅～シーケンス解析を行い、一度に数万～数十万の配列を得る手法です。

検体ごとに異なるバーコード配列が付加されているため、数十種類の異なる検体由来の混合DNAを一度に解析しても、バーコード配列をもとに得られた塩基配列がどの検体に由来するかを判別することができます。

一度の解析で大量の塩基配列を得ることができることから、メジャーな細菌からマイナーな細菌まで網羅的に検出可能です。多検体、多数の塩基配列解析を行う場合のコストパフォーマンスに優れています。

---

解析ソフトウェアは2種類から選択可能

データ解析のソフトウェアは、セット1またはセット2の2種類から選択が可能です。

セット1

　解析ソフトウェア：Metagenome@KIN
　データベース（細菌・酵母）：『RDP』＋『テクノスルガ・ラボ 微生物同定データベース』
　データベース（真菌）：『RDP』

セット2

　解析ソフトウェア：QIIME2
　データベース（細菌・酵母）：『Greengenes database』
　データベース（真菌）：『UNITE』

---

受入可能な検体

生体検体A区分：糞便検体

由来	検体の種類	対象
ヒト	ヒト糞便	細菌・アーキア、カビ・酵母のDNA
実験動物類	マウス、ラットなどの動物糞便、腸管内容物
家畜類	ブタ、ウシ、ウマなどの動物糞便、腸管内容物
家禽類	ニワトリなどの家禽糞便、腸管内容物
ペット類	イヌ、ネコなどのペット糞便
その他	魚類、昆虫などの糞便、腸管内容物

生体検体B区分：その他生体由来検体

由来	検体の種類	対象
ヒト（その他動物種はご相談ください）	唾液、プラーク	細細菌・アーキア、カビ・酵母のDNA
	皮膚拭取物
	膣内拭取物

その他

由来	検体の種類	対象
DNA抽出物	PCR増幅が確認されたDNA抽出物	細菌・アーキア、カビ・酵母のDNA

血液、臓器、細胞組織およびそれらが付着した検体の受け入れはできません。

---

仕様

対象微生物		細菌 ・ アーキア		カビ・酵母
解析対象		DNA
遺伝子領域※1		細菌	16S rDNA V1 ～ V2 領域	ITS2 領域
		細菌	16S rDNA V3 ～ V4 領域
		細菌・アーキア	16S rDNA V3 ～ V4 領域
		アーキア	16S rDNA V3 ～ V4 領域
		細菌 (皮膚菌叢解析用)	16S rDNA V3 ～ V4 領域※2
リード数※3		3万リード以上／検体
解析機種		MiSeq i100シリーズ(Illumina)
データ解析	セット1：Metagenome@KIN	RDPおよびテクノスルガ・ラボ「微生物同定データベース」		RDP
	セット2：QIIME2※4	Greengenes databaseあるいはSILVA database		UNITE

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　Miseq はイルミナ株式会社の商標または登録商標です。

※1 解析領域の違いによる結果の違いについては、当社では考察しません。
※2 標準仕様のV3 ～ V4領域のプライマー配列の一部を改変し、アクネ菌(Cutibacterium acnes)の検出効率を上げています。
※3 3万リード取得を目安に解析を実施しますが、獲得できる配列数は検体の性状により変動します。
※4 GreengenesまたはSILVAのどちらかご選択下さい。データベースの違いによる結果の違いについては、当社では考察しません。

---

受託試験項目および報告内容

セット１：Metagenome@KIN

報告内容	形式
次世代シーケンサー (NGS) によるシーケンス生データ	fastqファイル
次世代シーケンサー (NGS) によるシーケンスデータ (クオリティーフィルタリング、キメラチェック後)	fastaファイル
データ解析結果※	csvファイル、htmlファイル

※詳細は「アンプリコンシーケンスデータ解析 (Metagenome@KIN)」をご参照ください。

セット２：QIIME2

報告内容		形式
次世代シーケンサー (NGS) によるシーケンス生データ		fastqファイル
QIIME2出力データファイル データ解析(一次解析)結果※	代表配列とリード数の一覧	qzvファイル
	相同性検索結果 (表、バーチャート)	qzvファイル

詳しいサービス内容についてはアンプリコンシーケンスデータ解析（QIIME2）をご覧ください。