ライフサイエンス企業情報プラットフォーム

株式会社テクノスルガ・ラボ

微生物に関する試験・分析の受託および関連製品の販売

会社カテゴリー：分析、試験受託サービス

主サービス提供地域：日本

製品・サービス詳細

生体関連 アンプリコンシーケンス解析　[腸内細菌叢や皮膚菌叢等、微生物叢の受託解析]

サービスカテゴリー：分析

特徴

  • 様々な動物種の糞便、ヒトの口腔内や皮膚検体といった幅広い生体由来検体の細菌叢や菌類層を解析
  • DNA抽出からデータ解析までを一式としたセット価格でご提供 (1検体から申し込み可能)
  • 糞便は細菌とアーキア を一括で解析できるプライマーを推奨 (メタン産生アーキアの検出が可能）

概要

糞便、唾液、皮膚などの多様な生物種が混在する検体中の生物群集を解析する優れた方法のひとつです。検体から直接抽出した混合DNAについて、検体を識別するためのバーコード配列を付加したプライマーによりPCR増幅～シーケンス解析を行い、一度に数万～数十万の配列を得る手法です。

検体ごとに異なるバーコード配列が付加されているため、数十種類の異なる検体由来の混合DNAを一度に解析しても、バーコード配列をもとに得られた塩基配列がどの検体に由来するかを判別することができます。

一度の解析で大量の塩基配列を得ることができることから、メジャーな細菌からマイナーな細菌まで網羅的に検出可能です。多検体、多数の塩基配列解析を行う場合のコストパフォーマンスに優れています。

解析ソフトウェアは2種類から選択可能

データ解析のソフトウェアは、セット1またはセット2の2種類から選択が可能です。

セット1

　解析ソフトウェア：Metagenome@KIN
　データベース（細菌・酵母）：『RDP』＋『テクノスルガ・ラボ 微生物同定データベース※1』
　データベース（真菌）：『RDP』
※1　最新版データベースの特徴はこちら

セット2

　解析ソフトウェア：QIIME2
　データベース（細菌・酵母）：『Greengenes database』
　データベース（真菌）：『UNITE』

受入可能な検体

生体検体A区分：糞便検体

由来 検体の種類 対象
ヒト ヒト糞便 細菌・アーキアのDNAおよびRNA
実験動物類 マウス、ラットなどの動物糞便、腸管内容物
家畜類 ブタ、ウシ、ウマなどの動物糞便、腸管内容物
家禽類 ニワトリなどの家禽糞便、腸管内容物
ペット類 イヌ、ネコなどのペット糞便
その他 魚類、昆虫などの糞便、腸管内容物

生体検体B区分：その他生体由来検体

由来 検体の種類 対象
ヒト（その他動物種はご相談ください） 唾液、プラーク 細菌・アーキアの DNAおよびRNA
皮膚拭取物
膣内拭取物

その他

由来 検体の種類 対象
DNA抽出物 PCR増幅が確認されたDNA抽出物 細菌・アーキアのDNAおよびRNA

血液、臓器、細胞組織およびそれらが付着した検体の受け入れはできません。

仕様

対象微生物 細菌・アーキア 菌類
解析対象 DNA/RNA DNA
解析領域 16S rDNA V3 ～ V4領域 ITS2領域
リード長 細菌 約430 bp ／ アーキア 約380 bp 約350 bp
リード数※1 １万リード以上/検体
解析機種 次世代シーケンサー(NGS)
MiSeq®（Illumina）
データ解析手法
(セット１)※2		 解析ソフトウェア： Metagenome@KIN
データベース：RDP ※ 3
および
テクノスルガ・ラボ「微生物同定データベース」		 解析ソフトウェア： Metagenome@KIN
データベース：RDP ※ 3
データ解析手法
(セット2)※2		 解析ソフトウェア： QIIME2※4
データベース：Greengenes database		 解析ソフトウェア： QIIME2※4
データベース：UNITE

Miseq はイルミナ株式会社の商標または登録商標です

RNAに関する補足

DNAを解析対象とするアンプリコン解析では全菌 (生菌、死菌を問わず) を対象とします。RNAは生菌において多くなるため、微生物の動的な群集構造を解析することが可能です。RNAを解析対象とする場合には、検体から抽出した核酸中に含まれる混合RNAを逆転写PCR反応 (RT-PCR) し、得られたcDNAを鋳型にPCR増幅を行います。RNAは、非常に不安定で分解し易いため、サンプリング前に当社までお問い合わせ下さい。

※1 クオリティーフィルタリング、キメラチェック後のリード数です。
※2 データ解析は、セット1またはセット2のどちらかをご選択ください。
※3 RDP (Ribosomal database project) は公共の解析データベースです。
※4 セット2 (QIIME2) は一次解析までのご報告です。二次解析 (多様性解析、統計解析) は、別途追加解析のご指示をお願いいたします。

受託試験項目および報告内容

セット１：Metagenome@KIN

報告内容 形式
次世代シーケンサー (NGS) によるシーケンス生データ fastqファイル
次世代シーケンサー (NGS) によるシーケンスデータ
(クオリティーフィルタリング、キメラチェック後)		 fastaファイル
データ解析結果※ csvファイル、htmlファイル

※詳細は「アンプリコンシーケンスデータ解析 (Metagenome@KIN)」をご参照ください。

セット２：QIIME2

報告内容 形式
次世代シーケンサー (NGS) によるシーケンス生データ fastqファイル
QIIME2出力データファイル
データ解析(一次解析)結果※		 代表配列とリード数の一覧 qzvファイル
相同性検索結果
(表、バーチャート)		 qzvファイル

詳しいサービス内容についてはサービス詳細をご覧ください。

お問い合わせ
一覧に戻る

関連情報