コスモ・バイオ株式会社
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- イムノジェネテクス社 シングルセル/シングル核RNA-seq解析サービス
ライフサイエンスに関する研究用試薬、機器、臨床検査薬の仕入れ（一部自社製造）及び国内・海外販売
会社カテゴリー：ラボ用測定・分析、分析、試験受託サービス、その他受託サービス、商社、研究関連資材
主サービス提供地域：日本
製品・サービス詳細
独自のcDNA増幅法（TAS-Seq2法）により、高感度･高精度な解析を実現！
がん細胞や免疫細胞などの不均一な細胞集団の解析に重要であることから、シングルセル/核解析はいまや遺伝子解析技術の中でもスタンダードの一つになりつつあります。しかしながら、従来の手法では感度的に検出できない遺伝子がある、一度に処理可能な細胞数が限られるなどの制限があり、検体によっては正しい結果が得られないケースがありました。
そこでイムノジェネテクス社では、日本ベクトン･ディッキンソン (BD) 社のRhapsodyシステムと東京理科大学発の高感度cDNA増幅法 (TAS-Seq法*1) をベースとし、さらに高感度に検出が可能なTAS-seq2法*2を組み合わせたシングルセル/核RNA-seq解析サービスを実施しております。また、お客様のご希望に応じて、現地にてRhapsodyによるシングルセル化、凍結細胞、凍結組織からの調製なども対応可能です。
既存のシングルセル/核RNA-seq解析では対応できない検体や、より正確な評価にぜひお役立てください。
*1：固相担体を用いた核酸増幅方法（PCT/JP2020/027123） *2：相補DNA鎖を増幅する方法（特願2023-036275）
TAS-seq2法
（Terminator-assisted solid-phase cDNA amplification and sequencing）
特長
- 既存のシングルセルRNA-seq解析に比べ、より多くの遺伝子を検出 (図1)
- フローサイトメーターとの相関が高く､正確な細胞組成データを取得可能（図2）
- 一度に最大50,000細胞を処理が可能
- タンパク質変性作用のある界面活性剤を利用することにより、RNaseに対し高い耐性、顆粒球も効果的に解析可能
- 流路の詰まりがないため、サンプルロスリスクがほぼなく、臨床検体等の再取得困難なサンプルに最適
- Rhapsodyを用いることで、顕微鏡観察による解析細胞数の調節(細胞ロード後の追加)が可能
- Universal Surface Biotinylation (USB法）により、生物種・細胞種非依存的・細胞核対応なマルチプレックス解析が可能
- 固定細胞 / 細胞核解析に対応
- 少ない必要細胞数で対応可能 (例：50,000細胞解析の場合、最終必要細胞数は65,000細胞)
データ例
図1. TAS-seq2のバリデーションデータ
TAS-seq2では、他社の手法に比べ1.5倍～2倍以上の遺伝子を検出した。
図2. マウス肺細胞におけるフローサイトメーターと各種シングルセル解析手法の比較
左図：フローサイトメーターの結果と比較すると、A社の手法ではマクロファージを過大に、線維芽細胞を過少に検出していたり (赤枠)、C社の手法では内皮細胞と単球を過大に、肺胞マクロファージを過少に検出したりする(緑枠) のに対し、TAS-seqの結果はよく相関していることが確認された。
右図：TAS-seqの結果は非常に再現性が良いことが確認された。
図3. TAS-Seq2を用いたマウス肝臓検体由来細胞核解析例
細胞調製時のロスにより解析が困難な肝細胞についても、肝臓を構成する各種細胞のクラスターの同定に成功した。
受託解析フロー
図4. 受託解析フロー
お客様側で調製された細胞をイムノジェネテクス社まで送付、あるいは凍結細胞や凍結組織を送付し アッセイ用細胞の調製から実施することも可能です。
【解析実績サンプル例】
| シングルセルRNA-seq解析 | |
|---|---|
| ヒト | 末梢血好中球、 PBMC、 肺手術検体、胃がん生検検体、乳がんT細胞、肺がん、大腸がん等 |
| マウス | 肺、肝臓、腎臓、皮膚、大腸、小腸、膵臓、脾臓、心臓白血球、舌、末梢血、 好塩基球、腹腔浸潤細胞、腹膜、腫瘍、ミクログリア、脳間質細胞、胃粘膜上皮 リンパ節、骨髄細胞、脂肪間質細胞等 |
| 培養細胞 | ヒトiPS由来内皮細胞、 ヒトiPS細胞、ヒト間葉系幹細胞、 iPS由来軟骨オルガノイド肺オルガノイド、がん細胞株等 |
| その他生物種 | プラナリア、カニクイザル軟骨、ハムスター肺、ラット腎臓・肺、アフリカツメガエル等 |
| シングル核RNA-seq解析 | |
| マウス | 肺、脳、鼻粘膜上皮、嗅球、肝細胞、腎臓細胞、副腎等 |
【受け入れ可能サンプル】
シングルセル RNA-seq 解析
・指定のプロトコルにて合成したcDNA
・凍結細胞（1×106個生存率＞80%）
・凍結組織（指定の凍結保存用液プロトコルで保存）
シングル核 RNA-seq 解析
・凍結組織（10mg程度、液体窒素などを用いた急速凍結を推奨）
・指定のプロトコルにて固定した細胞
【注意事項】
・イムノジェネテクス社指定プロトコルにて逆転写済みのBD Rhapsody beadsを発送する場合は、冷蔵便にてご発送ください。
・凍結細胞・組織をご発送の場合は、凍結状態を維持するために十分量のドライアイスを同梱し冷凍便でお送りください。
・細胞や組織を凍結保存の際は、イムノジェネテクス社指定の保存液、凍結方法をご使用ください。
・フレッシュな細胞での調整をご希望の場合は、装置の貸出やイムノジェネテクス社担当者による出張解析も可能です。
実施内容
| サンプル調製および シーケンス |
Rhapsodyによる細胞単離とcDNA合成 TAS-seqによる増幅、ライブラリ調製およびシーケンス その他 セルソート対応 |
|---|---|
| データ解析 | マッピング解析 （オプション）Seurat解析、sub-clustering解析、発現変動解析（DEG）、Trajectoty解析等 |
| 納品物 | ハードディスク（HDD） ・作業報告書 ・シーケンス生データ一式 ・マッピング結果ファイル （遺伝子発現テーブル並びにRNA velocity解析用発現テーブル、解析レポートファイル等）
レポート例 |
| 納期 | サンプル受領から2.5ヶ月程度 |
| 価格 | お問い合わせ |
【その他の解析項目】
・タンパク質とmRNAの同時解析
・細胞核RNA-seq解析
・シングルセルレパトア (TCR/BCR) 解析
アッセイやサービスに関するお問い合わせ、御見積のご依頼は以下までお問い合わせください。
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本サービスを利用した論文(一部)
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商品は「研究用試薬」です。人や動物の医療用・臨床診断用・食品用としては使用しないように、十分ご注意ください。